Hodowla w kolbach do wytrząsania różni się od hodowli powierzchniowej, w której komórki są bezpośrednio wystawione na działanie wysokich stężeń tlenu. W hodowlach w kolbach do wytrząsania komórki są wystawione na działanie tlenu o niskim stężeniu, ponieważ mikroorganizmy są zawieszone w bulionie hodowlanym.